中共中央到达陕北，特别是抗日战争全面爆发后，中国的阶级关系和社会矛盾发生了深刻变化。形势的发展迫切要求共产党迅速壮大自身基层组织和增加党员数量。
但是，在全民族抗战初期，“目前党的组织力量，还远远落后在党的政治影响之后，甚至许多重要的地区尚无党的组织，或非常狭小”。
正是敏锐地注意到这一点，1938年春，毛泽东在中央政治局会议上提出，“要大大发展党员，中央应有新的决议”。
在这种情况下，中共中央于1938年3月15日作出《关于大量发展党员的决议》，决定“大量的十百倍的发展党员，成为党目前迫切与严重的任务”。这一决议的下发，极大地促进了各地党员队伍的发展。
据统计，到1938年底，共产党员的人数已由全民族抗战爆发初期的4万人发展到50余万人，党的组织已走出狭隘的圈子，成为具有广泛群众基础的大党。
与此同时，党员队伍在快速发展中，也出现了一些发展过快、党员标准把关不严等新情况和新问题，主要表现为“某些地方党部为追求新党员的数目字，便进行所谓发展党的突击运动，集体加入与不经过个别的详细审查的征收党员”。
对此，中共中央提出严肃批评，指出这是使“许多普通抗日分子或党的暂时同路人，也加入了党。异己分子，投机分子，以及奸细，也乘机混入了党。使党的组织之无产阶级先锋队的作用和党的组织之巩固程度大大受到损害”。
为克服这些缺点，中共中央政治局在1939年8月25日作出了《关于巩固党的决定》，明确指出：“党的组织很不巩固，在征收新党员的工作中是有严重的错误与缺点存在的。”
毛泽东也明确指出：我们现在有大批的新党员所形成的很多的新组织，这些新组织还不能说是广大群众性，还不是思想上、政治上、组织上都巩固的，还不是布尔什维克化的。同时，由于环境和任务的变化，对于党的老党员，也发生了提高水平的问题，对于老组织，也发生了在思想上、政治上、组织上进一步巩固和进一步布尔什维克化的问题。
鉴于此，《关于巩固党的决定》明确提出：“在思想上政治上组织上巩固党，成为我们今天极端严重的任务，成为完成党的政治任务的决定因素。”为了完成这一任务，中央政治局作出了“党的发展一般的应当停止，而以整理紧缩严密和巩固党的组织工作为今后一定时期的中心任务”；“为着巩固党，必须详细审查党员成份，清刷混入党内的异己分子(地主富农商人)，投机分子，以及敌探奸细”等七项具体决定。为了正确贯彻执行中央的决定，中央组织部于10月7日发出了《关于执行中央巩固党的决定的指示》。
根据这一要求，各地党的组织迅速行动起来，采取种种措施以开展巩固党的工作。
一是审查党员成分。这其中，加强对干部的审查是重要的一环。1940年8月，中共中央专门印发了《关于审查干部问题的指示》，指示详细规定了审查干部的基本方法，并明确提出：地方党和军队中在审查干部中，如发现某个干部政治上是不可信赖的，则须坚决撤消或调动其工作；发现了内奸叛徒则应坚决的清洗出去；但对某些过去犯过错误，而现在工作表现积极而忠实于党的路线即本质上好的干部，则应加紧其教育。
经过各项工作，有一些不合格的党员被清除出党。如据当时冀中区所做的统计，在9万党员中，被洗刷的阶级异己分子、投机分子和太落后分子共2730人，占党员总数的3%多一点。其中叛变者138人，逃跑脱党者406人。北岳区洗刷的党员占党员总数的2%。同时，对一些不称职的干部也进行了组织处理，如太行抗日根据地的涉县在1940年4月的相关经验中介绍道：“在七十个支干中，开除了三十一个，撤消了十九个；八个分委中，撤消六个，工作已开始走向活跃，这一区工作得到了基本的转变。”
二是党支部教育。1940年10月17日，中共中央宣传部发出《关于各抗日根据地内党支部教育的指示》，要求必须在一年中有计划地加强支部的教育。这一指示提出，支部教育方针应该是：提高支干(包括支部的干事、某些小组长， 及其他乡村级干部中的党员)和党员的文化水平；使一般党员懂得怎样做一个好的共产党员；使支部干部熟悉领导支部工作及乡村工作；培养以后进行支部自我教育的教育干部。指示还在相关计划、教材、教育干部、教育方式与方法方面作了较为详细的规定。
这一指示得到各地的切实贯彻执行。如陕甘宁边区，除有计划地选调干部到马列学院和中央党校学习外，还组织编写了《新党员训练大纲》《党员须知》《党员课本》和《党员初级课本》等教材，大力扩大边区党校，组织大批干部进行支部教育工作，以轮训区级干部及开办乡级党员训练班等措施来积极推进，收到较好效果。在陕甘宁边区延川县，全县文盲党员较多，占全部党员的96.5%，而且居住也非常分散，针对这一具体情况，当地党组织采取由县委主办支部训练班、区委干部举办党员流动训练班以及举办会议等多种方式开展支部教育。在晋察冀根据地，各支部努力加强各项制度建设，普遍建立健全了党课制度、学习制度和组织生活制度，大大提高了党员的觉悟。
三是巩固党在国民党统治区和敌占区的秘密组织。这也是巩固和发展党组织的重要内容。在这一方面，中共中央多次作出指示。1940年5月4日，毛泽东为中共中央写给东南局的指示中这样要求：在国民党统治区域的方针，是“荫蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”，其中，他特别强调要“反对急性和暴露”。同年7月7日，中共中央又进一步规定：“在国民党区域的党，必须严格执行党的组织上的隐蔽政策与精干政策。”“在日本占领区域则认真建立党的组织，并须同样执行隐蔽政策与精干政策。”10月1日，陈云发表了《巩固秘密党的几个问题》一文，着重阐述了大后方及敌占区中共秘密组织如何贯彻中央关于巩固党的决议的问题，强调指出，目前巩固党的秘密组织的最重要的工作，是肃清内奸和防止内奸。
遵照这些规定和要求，国民党统治区和敌占区的秘密党组织，采取了许多行之有效的组织措施。比如改变组织的联系方式，以及对一些党员干部适当调动、疏散，等等。如陕西省委于1939年9月决定，撤销地委一级组织，改用特派员联系、指导各县工作，次年9月又决定撤回各地特派员和已经暴露了的党员、干部，并规定不搞公开的、大规模的群众活动，提出党组织和党员之间可采取单线联系、异地领导的方法，要求不得发生横的关系。1942年1月，中共四川省工委在向中央关于川康党组织巩固情况的报告中，曾提到由于采取多种措施巩固和发展组织，现存组织47县，5个中心县委，7个县委。1940年有党员4000名，经疏散1000多名，暂停联系和洗刷1000多名，被捕百余，新发展200多名，共有党员2000名。
经过这次巩固工作，党员队伍继续得以发展壮大，到1940年底，全党党员数从1938年底的50万人发展到80多万人。